Program Odbudowa 2001 został zrealizowany na terenie trzech województw - małopolskiego, podkarpackiego i świętokrzyskiego - najbardziej poszkodowanych w powodzi, jaka miała miejsce w lipcu i sierpniu 2001 r. Program wdrażany w dwóch edycjach dysponował łącznym budżetem 25 min EUR. Środki te podzielone zostały pomiędzy regiony proporcjonalnie do strat poniesionych w wyniku powodzi. W dniu 7 grudnia 2001 r. pomiędzy Komisją Europejską a Rządem RP podpisane zostało Memorandum Finansowe dotyczące przekazania 15 min EUR dla Programu Odbudowa 2001. Komisja Europejska wyraziła również zgodę na realokację środków z Sectoral STRUDER Counterpart Funds w wysokości 9,997 min EUR na realizację II edycji Programu. 20 lutego 2002 r. podpisane zostało w tej sprawie Memorandum of Understanding.

Od podpisania Memorandum Finansowego minęły trzy lata, podczas których udało się zakontraktować, zrealizować i sfinansować 210 projektów infrastrukturalnych związanych z usuwaniem skutków powodzi i zabezpieczeniem przeciwpowodziowym. Łączna wartość wszystkich projektów po rozliczeniu wyniosła (razem z wkładem własnym Beneficjentów) 25,6 mln EUR. W dwóch edycjach Programu wydanych zostało 23,3 mln EUR wsparcia Unii Europejskiej.